Ainda durante a vida de Darwin, muitas espécies de seres vivos e elementos geográficos foram batizados em sua homenagem, entre eles, o Monte Darwin, nos Andes, em celebração ao seu vigésimo quinto aniversário. A capital do Northern Territory na Austrália também foi batizada com o seu nome em comemoração à passagem do Beagle por ali, em 1839. No mesmo território, foram batizados com o seu nome uma universidade e um parque nacional.
As 14 espécies de tentilhões que ele estudou em Galápagos são chamadas "tentilhões de Darwin" em honra ao seu legado. Em 1964, foi inaugurado em Carmbridge o Darwin College em honra à sua família e, parcialmente, porque os Darwin eram os donos do terreno usado. Em 1992, Darwin foi posicionado em décimo sexto lugar na As 100 maiores personalidades da história, compilada pelo historiador Michael H. Hart. Darwin também figura na nota de dez libras introduzida pelo banco da Inglaterra em 2000 em substituição a Charles Dickens. Sua barba impressionante e difícil de ser copiada foi apontada como um dos fatores que contribuíram para a escolha. Darwin também aparece em quarto lugar na 100 Greatest Briton, uma lista compilada por meio de voto popular pela BBC.
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